不動明は父の親友の牧村家で居候になりながら、家の娘の牧村美樹と共に名門学院に通う普通の学生。ある日突然現れた親友の飛鳥了に「氷の中で眠っていた地球の先住人類「デーモン（悪魔）」が、何万年の時をへだてて現代によみがえり再び地球を人類から奪い返そうとしている。」と知らされ、人類を守るために了の父である飛鳥教授の残した「恐怖の遺産」を受ける事、すなわちデーモンと合体して悪魔の力を手に入れる事を決意する。人間がデーモンと合体しても人間の心を持ち続けるための条件（合体時に理性を失った状態でいる、デーモンの意識を抑える強い意思を持つ、善良で純粋かつ正義を愛する若者である）を満たした明は、デーモンの勇者・アモンと合体に成功して人間の心と悪魔の力を持つ悪魔人間・デビルマンとなった。

デビルマンを倒すため次々にデーモンの刺客が迫り、明はそれらを全て倒していったが、ついにはデーモンの人類に対する無差別合体が始まる。理性ある人間との合体はデーモンにとっても死を意味する一人一殺の特攻作戦なのだが、人間の弱点「恐怖心」を見事につき、ソ連ではデーモンの侵略阻止のためにツリングラードに水爆を射ち込む結果を招いた。悪魔王ゼノンによる人類に対する宣戦布告が行われ、デーモン軍団の総攻撃に対し人類も自らが開発した兵器で対抗するが合体による人間の乗っ取りやデーモンの超能力の前に次々に倒れていく。世界的な権威・雷沼教授が「悪魔の正体は人間だ！人間の強い願望が自身の体細胞を変化させた！現代生活の不満が増大した結果……そのやり場のない不満を別生物になることでみたそうとしたのだ！」と発言したため、お互い疑心暗鬼になった人類は悪魔狩りの名の下、中世の魔女狩りのごとくデーモンと疑わしい人物、悪魔化しそうな危険な人物等を次々と逮捕・拷問にかけて殺していった。

了と共に事の成り行きを見守っていた明だが、止める了を振り払い単身で無数のデーモンとの戦いに出た。しかし多勢に無勢で倒れ、デーモンがデビルマンにとどめを刺そうとしたとき、デビルマンを生かすことが大魔神サタンの意向だと他のデーモンに告げ、明は見逃される。一人の力では戦えないと悟った明は、無差別合体で覚醒した他のデビルマンを集め、デビルマン軍団を組織するのだった。