元々リンネはトマトをナス属に含めてlycopersicum（ギリシャ語lycos '狼' + persicos '桃'）という種小名を与えたが、1768年にフィリップミラーがトマト属を設立して付けたLycopersicon esculentumが学名として広く用いられてきた。しかし系統解析によりトマト属に分類されてきた植物がナス属の内部に含まれることが明らかとなったため、ナス属を分割するか、トマト属を解消してナス属に戻すかの処置が必要になった。

Micro Tom は矮性で実験室でも育成が可能な系統として利用されている。また、国際的なゲノムプロジェクトも行われ、ゲノム（約3万5千の位置・構造、7億8千万の塩基配列）を解読した。

トマトは長らく独自の属（トマト属 Lycopersicon）に分類されてきたが、1990年代ごろからの様々な系統解析の結果、最近の分類ではナス属 (Solanum) に戻すようになってきている。したがってリンネのやり方に戻して、学名もSolanum lycopersicumとするようになっている。

植物学において、近年トマトはナス科のモデル植物として注目されている。この学名は国際藻類・菌類・植物命名規約上不適切な（種小名を変えずにLycopersicon lycopersicumとすべき）ものであったが、広く普及していたため保存名とされてきた。

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